اسماعیل عبدالسلام هنیه در سال ۱۹۶۲ در اردوگاه الشاطی غزه به دنیا آمد. وی تحصیلات ابتدایی و راهنمایی را در مدارس سازمان آنروا در اردوگاه الشاطی در غزه گذراند، سپس تحصیلات دبیرستان را در دانشسرای دینی الازهر در غزه کامل کرد و در سال ۱۹۸۱ وارد دانشگاه اسلامی غزه شد و به عضویت انجمن اسلامی این دانشگاه در آمد. وی همچنین از سال ۱۹۸۳ تا ۱۹۸۴ عضو شورای دانشجویی دانشگاه و از سال ۱۹۸۵ تا ۱۹۸۶ ریاست شورای دانشجویی دانشگاه را بر عهده داشت. وی لیسانس زبان عربی را از دانشکده تربیت دانشگاه اسلامی غزه دریافت کرد.

هنیه در سال ۱۹۹۷ به ریاست دفتر حماس منصوب، در انتخابات فلسطین در سال ۲۰۰۶ پیروز و دهمین نخست‌وزیر فلسطین شد. او تا سال ۲۰۰۷ در این سمت بود.

هنیه که تقریبا همزمان با آغاز انتفاضه اول فارغ‌التحصیل شد، در تظاهرات انتفاضه اول شرکت کرد و توسط دادگاه نظامی رژیم صهیونیستی به زندان محکوم شد. در سال ۱۹۸۹ به مدت سه سال زندانی و پس از آزادی، در سال ۱۹۹۲، مقامات نظامی صهیونیست او را همراه با «عبدالعزیز الرنتیسی» و «محمود الزهار» و ۴۰۰ فعال دیگر از رهبران ارشد حماس به لبنان تبعید کردند.

این فعالان بیش از یک سال در «مرج الظهور» جنوب لبنان ماندند، جایی که به گفته بی‌بی‌سی «حماس در معرض رسانه‌های بی‌سابقه‌ای قرار گرفت و در سراسر جهان شناخته شد».

اسماعیل هنیه یک سال بعد به غزه بازگشت و به ریاست دانشگاه اسلامی منصوب شد.

رژیم صهیونیستی در سال ۲۰۰۳ نیز برای ترور هنیه اقدام کرد اما شکست خورد. اسماعیل هنیه جزئیات عملیات ترور نافرجام خود را این گونه توصیف می‌کند: در تاریخ ۶/۹/۲۰۰۳ م. همراه شیخ احمد یاسین به دیدار دکتر مروان ابو راس رفته بودیم. وقتی ناهار را در منزل ایشان میل کردیم، ناگهان یک هواپیمای اف ۱۶ محلی را که در آن بودیم بمب باران کرد. سقف فرو ریخت و همه جا را دود و گرد و خاک فرار گرفت. به شکرانه پروردگار موفق شدیم از منزل خارج شویم و خداوند ما و خانواده دکتر ابو راس را نجات داد.

لازم به ذکر است که در جریان حملات رژیم صهیونیستی به غزه سه نفر از پسران و سه نوه او در حمله هوایی ۱۰ آوریل ۲۰۲۴ به شهادت رسیدند.

از جمله سمت های اسماعیل هنیه در طول های سال های گذشته می توان به موارد زیر اشاره کرد:
دبیر پیشین هیئت امنای دانشگاه اسلامی غزه
مسئول پیشین امور اداری دانشگاه اسلامی غزه
مدیر سابق علمی دانشگاه اسلامی غزه
عضو سابق منای دانشگاه اسلامی غزه
عضو کمیته عالی گفتگوی حماس با بقیه گروه‌های فلسطینی و تشکیلات خودگردان
عضو کمیته عالی پیگیری انتفاضه به نمایندگی از حماس
رئیس دفتر شیخ احمد یاسین
عضو رهبری سیاسی جنبش حماس
عضو سابق هیئت مدیره جمعیت اسلامی غزه
رئیس باشگاه جمعیت اسلامی غزه به مدت ۱۰ سال

اسماعیل هنیه، رئیس دفتر سیاسی حماس که برای شرکت در مراسم تحلیف «مسعود پزشکیان» رئیس‌جمهوری اسلامی ایران در تهران حضور داشت، پس از برگزاری این مراسم و در بامداد ۱۰ مرداد ماه ۱۴۰۳ در محل اقامت خود ترور شد و به شهادت رسید.